一般的なアフタ性口内炎は、通常1週間から2週間程度で自然に治癒します。しかし、中には2週間以上経過しても治らなかったり、治ったと思ったらすぐに再発したり、あるいは同じ時期に複数個できたりと、治りが悪かったり繰り返したりする場合があります。そのような時には、いくつかの可能性を考える必要があります。まず、単純なアフタ性口内炎であったとしても、体調不良や栄養不足、過労やストレスが続いていると、治癒力が低下して治りが遅くなることがあります。十分な睡眠や休息が取れていない、偏った食生活が続いているといった場合は、生活習慣の見直しが必要です。ビタミンB群などが不足していないか確認し、必要であればサプリメントなどで補うことも検討できます。次に、口内炎だと思っていたものが、実は別な病気である可能性も考えられます。口内炎と似た症状を示す病気はいくつか存在します。例えば、ベーチェット病という自己免疫疾患では、アフタ性口内炎が特徴的な症状の一つとして現れます。ただし、ベーチェット病の場合は、口内炎だけでなく、目の症状（ぶどう膜炎など）、皮膚の症状（結節性紅斑など）、外陰部の潰瘍などを伴うことが一般的です。また、ウイルス感染によってできる口内炎もあります。ヘルペスウイルスによる口内炎（ヘルペス性口内炎）や、手足口病に伴う口内炎などです。これらはアフタ性口内炎とは見た目や経過が異なることが多いですが、鑑別が難しい場合もあります。口腔がんの初期症状として、治りにくい潰瘍ができることも稀にあります。特に、同じ場所にできた潰瘍が2週間以上治らず、徐々に大きくなってきたり、硬さが出てきたりする場合は注意が必要です。喫煙や飲酒の習慣がある方は、口腔がんのリスクが高まります。さらに、特定の薬剤の副作用として口内炎ができる場合や、胃腸の不調、糖尿病、貧血、免疫系の病気などが背景にある可能性も考えられます。このように、アフタ性口内炎がなかなか治らない、または頻繁に繰り返す場合は、単純な口内トラブルとして放置せず、必ず医療機関を受診することが非常に重要です。歯科口腔外科、耳鼻咽喉科、あるいは内科などが受診先として考えられます。